يتكون معهد أبحاث السلام من الأقسام التالية:
مجلس معهد السلام.
اللجنة العلمية.
إدارة معهد السلام.
يتكون مجلس معهد السلام من الأعضاء التاليين:
مدير جامعة الخرطوم- رئيس.
مدير معهد السلام - عضو وصانع القرار.
نائب مدير معهد السلام - عضو.
بالإضافة إلى ذلك ، يضم أعضاء آخرين عمداء الجامعة ، ومدراء المعاهد المختلفة ، وقادة الخدمة المدنية ، وخبراء آخرين في المجالات ذات الصلة.
تتكون اللجنة العلمية من الأعضاء التاليين:
مدير معهد السلام - رئيس.
نائب مدير معهد السلام - الرئيس المشارك.
هيئة تدريس معهد السلام - الأعضاء.
بالإضافة إلى ذلك ، يضم أعضاء آخرين عمداء الجامعة ومديري مراكز جامعية مختلفة وخبراء آخرين في المجالات ذات الصلة.
تتكون إدارة معهد السلام من الأعضاء التاليين:
مدير معهد السلام.
نائب مدير معهد السلام.
المسجل.